Fala konwersji z początku zaskoczyła Polski Autokefaliczny Kościół Prawosławny, jednak metropolita Dionizy niezwłocznie skierował księży do nowo powstałych wspólnot. 31 października 1927 synod polskiej Cerkwi prawosławnej zaplanował powołanie nowego dekanatu z dziewięcioma parafiami. 17 grudnia 1927 we Lwowie odbył się zjazd delegatów gmin przechodzących na prawosławie, który zażądał od władz państwowych uznania tych parafii i przekazania im mienia parochii greckokatolickich. W 1929 ustanowiono w Czarnem Prawosławną Misję Duchowną. Wraz z parochiami w Izbach i Miliku koło Muszyny prowadziła ona działalność misyjną na zachodniej Łemkowszczyźnie. W czerwcu 1932 wizytował nowe parochie Łemkowszczyzny prawosławny biskup krzemieniecki Szymon. Stopniowo w parochiach rozwinęło się normalne życie religijne – organizowano uroczyste nabożeństwa, odpusty, pielgrzymki, bractwa religijne, naukę religii. W 1933 zaprzestano działalności misyjnej – zamiast tego Cerkiew prawosławna zaangażowała się w działalność kulturalno-oświatową wśród Łemków, prowadząc czytelnie, wydając gazety, organizując obchody świąt łemkowskich.