Okres powojenny Przebywając w niewoli, trafił najpierw do Wielkiej Brytanii, a następnie do obozu jenieckiego w pobliżu Carentan (Francja). W szpitalu w Augsburgu przeszedł operację kikuta amputowanej nogi. Jego rodzina uciekła przed Armią Czerwoną i znalazła schronienie w Wuppertalu. Rudel został zwolniony z obozu w kwietniu 1946. W 1948 trafił przez Zillertal do Włoch, a następnie drogą lotniczą z Rzymu do Buenos Aires, gdzie przebywał do 8 czerwca 1948.. W ucieczce z Niemiec pomogli Rudlowi przemytnicy z Tyrolu Południowego oraz austriacki biskup o sympatiach nazistowskich, Alois Hudal. Rudel używał fałszywego paszportu z Czerwonego Krzyża, wystawionego na fikcyjne nazwisko Emilio Meier.
Ameryka Południowa W Argentynie przez sześć lat działał w ugrupowaniach nazistowskich. Mieszkał w Villa Carlos Paz, około 36 km od miasta Kordoba, gdzie wynajmował dom i prowadził cegielnię. Tam spisał swoje wspomnienia. Zaprzyjaźnił się z późniejszym prezydentem tego kraju, Juanem Perónem, a także dyktatorem Paragwaju Alfredo Stroessnerem i Aniołem Śmierci Josefem Mengele. Wraz z byłym żołnierzem Waffen-SS i korespondentem wojennym Wehrmachtu, (który początkowo pracował jako kierowca Rudla). zorganizował przerzut Mengelego do Brazylii.