Sukces komercyjny „Baby Boy” zaczął zajmować pozycje na listach jeszcze przed ukazaniem się oficjalnego singla. Zadebiutował na miejscu 57. Billboard Hot 100, podczas gdy „Crazy in Love” przebywał aktualnie na szczycie listyacharts.com: Billboard Hot 100. Singel dotarł na 1. miejsce po ośmiu tygodniach i pozostawał na nim przez dziewięć tygodni'Stand Up' Ends 'Baby Boy' Reign. „Baby Boy” był tym samym najdłużej utrzymującym się na 1. pozycji utworem Knowles aż do 2006 roku i „Irreplaceable” (10 tygodni). Singel pozostał na liście Hot 100 przez dwadzieścia dziewięć tygodni i uzyskał status platynowej płyty w Stanach Zjednoczonych„Baby Boy” Global Chart Positions and TrajectoriesGold and Platinum. Poza Hot 100 piosenka uplasowała się również w innym notowaniach Billboardu, w tym: Top 40 Tracks, Rhythmic Top 40, Top 40 Mainstream, Hot 100 Airplay, Dance Radio Airplay oraz Hot Dance Club PlayNo Stopping Beyoncé's 'Baby Boy' At No. 1Beyoncé Billboard Singles.