Po remoncie w Devonport pod koniec 1936, od początku 1937 okręt ponownie skierowano do Ameryki Południowej w celu reprezentowania tam interesów brytyjskich (od września 1936 do sierpnia 1939 dowodził nim kmdr Henry Harwood).
W chwili wybuchu II wojny światowej okręt w dalszym ciągu znajdował się w składzie Dywizjonu Południowoamerykańskiego, będąc jego okrętem flagowym (od 25 sierpnia 1939 dowódcą okrętu był Frederic Bell, a kmdr Harwood był dowódcą całego Dywizjonu, na pokładzie „Exetera”). 5 października 1939 „Exeter” wszedł w skład zespołu Force G, poszukującego niemieckiego rajdera – "pancernika kieszonkowego" „Admiral Graf Spee”, patrolując na południowym Atlantyku. 13 grudnia 1939 doszło do bitwy „Exetera” wraz z dwoma lekkimi krążownikami HMNZS „Achilles” i z „Grafem Spee” u ujścia La Platy - pierwszego większego starcia morskiego II wojny światowej. Na „Exeterze” jako najsilniejszym z zespołu spoczął początkowo główny ciężar walki, jednakże został on ciężko uszkodzony 4 pociskami dział 280 mm „Grafa Spee” i licznymi odłamkami, które uszkodziły obie dziobowe wieże artylerii oraz pomost dowodzenia, raniąc lub zabijając jego obsadę i wywołały pożar. „Exeter” dalej prowadził mało skuteczny już ogień z ostatnich dwóch dział 203 mm, a następnie ok.