wcześniej dużą część Niziny zajmowały bagna. Jezior jest niewiele, przeważnie są to małe jeziorka górskie – polodowcowe, morenowe albo wulkaniczne. Największym jeziorem jest Synewyr – 7 hektarów powierzchni, 27 m głębokości. Stosunkowo liczne są wodospady.
Klimat Zakarpacia jest umiarkowany, ciepły, przejściowy. Spotykają się tu cechy kontynentalnego, suchego klimatu Kotliny Panońskiej i wilgotniejszego, chłodniejszego klimatu Europy na północ od Karpat. Średnia ilość opadów rośnie z zachodu na wschód, od 600 do 1100 mm rocznie.
W górskiej części Zakarpacia przeważają słabo wykształcone gleby górskie. Część nizinną pokrywają bardzo urodzajne gleby aluwialne naniesione z gór przez Cisę i jej dopływy.
Naturalną formacją roślinną regionu są lasy: w wyższych partiach gór iglaste, głównie świerkowe, na nizinach – liściaste, głównie bukowe i dębowe. Do dziś lasy pokrywają niemal cały obszar górski Zakarpacia – około trzech czwartych powierzchni kraju. Szczytowe partie najwyższych gór zajmują połoniny.
Gospodarka Zakarpacie jest pozbawione znaczniejszych bogactw mineralnych. Wyjątkiem są wielkie, eksploatowane od czasów starożytnych, złoża soli kamiennej w Sołotwinie.