U mężczyzn zakażenie obejmuje: napletek, żołądź, cewkę moczową, a następnie gruczoł krokowy. Nierzadko obejmuje ono również wyższe odcinki dróg moczowych. Jego powikłaniem bywa czasem także zakażenie najądrzy oraz kanalików wyprowadzających jąder.
U noworodków i niemowląt może dojść do zarażenia również podczas zwykłych zabiegów pielęgnacyjnych od matki lub innych kobiet opiekujących się dziećmi. Znane są również zarażenia okołoporodowe rzęsistkiem pochwowym. Oba przypadki transmisji dotyczą jednak częściej dziewczynek niż chłopców, ponieważ te otrzymują od matki estrogeny sprzyjające rozwojowi tego pasożyta (zwykle do 12. tygodnia życia).
Czasami zakażenie może być bezobjawowe, co jednak zdarza się 4–6 razy częściej u mężczyzn. Najprawdopodobniej wówczas rzęsistek zajmuje gruczoł krokowy, gdzie rozmnaża się i opuszcza organizm wraz ze spermą (co może być źródłem transmisji choroby).
Według danych epidemiologicznych oraz klinicznych istnieje trzykrotny wzrost ryzyka zakażenia wirusem HIV-1 przy współistniejącym zakażeniu rzęsistkiem pochwowym.