Do końca sierpnia 2009 Zamość posiadał 4 dalekobieżne połączenia pośpieszne, których wagony na określonych stacjach łączono ze składami z innych miast, tj.: 2 do Wrocławia (Hetman i Roztocze o innej trasie) oraz 2 do Bydgoszczy (Bydgoszczanin i Chełmianin o tej samej trasie). Spółka PKP Intercity, która w 2008 przejęła od ówczesnej spółki PKP Przewozy Regionalne połączenia międzywojewódzkie, od września 2009 zastąpiła pociągi „kolejową komunikacją autobusową”, zapewniającą dojazd do stacji Jarosław, Dębica oraz Lublin (o zbliżonej trasie jak pociąg), gdzie wagony z Zamościa łączone były z wagonami z innych miast, umożliwiając tam przesiadanie się do owych pociągów.

W grudniu 2009 roku Zamość i pobliski region Roztocze, do odwołania, pozbawiono wszelkich połączeń, co spowodowało całkowite odcięcie od połączeń kolejowych w skali regionu i kraju. Przez stację Zamość odbywał się jedynie ruch towarowy.

Dopiero w marcu 2011 spółka PKP Intercity przywróciła jeden pociąg TLK do Zielonej Góry (w późniejszych zmianach skierowany do Poznania), a od czerwca Przewozy Regionalne uruchomiły pociągi REGIO do Lublina i Chełma.