Wkrótce linię przedłużono do Nowego Miasta, a w 1917 do Hrubieszowa.
Dworzec kolejowy w Zamościu odegrał ważną rolę w obronie Zamościa przed armią Budionnego usiłującą sforsować starą Topornicę od strony Płoskiego, wzdłuż drogi i nasypu torowego (wokół było bagno). 22 lipca 1944 Niemcy zniszczyli urządzenia stacyjne, wysadzili parowozownię, rozjazdy, nastawnie, mosty i spalili dworzec. Ruch kolejowy na linii przywrócono 1 września 1944 roku. Dworzec pospiesznie i w nieco zmienionej formie odbudowano w 1945 roku. W latach 1962–1963 podniesiono standard poczekalni dworcowej i bufetu – ściany wyłożono płytami marmurowymi według projektu B.i L. Wzgórków.
Od 2015 roku dworzec jest własnością Miasta Zamość. W latach 2018–2020 przeprowadzono kolejny remont budynku. Znajduje się tu miejskie Centrum Integracji Społecznej. Część dworca jest dostępna dla podróżnych (poczekalnia, bufet).
Ruch pociągów Zmiany połączeń thumb|Tabliczka dawnego Hetmana Po zlikwidowaniu w 2004 roku pociągów osobowych przez kilka lat stacja Zamość była miejscem odjazdów i przyjazdów pociągów wyłącznie pospiesznych, międzywojewódzkich.