miejsce, a w krajowym pucharze jedenastka z Kiselej Vody pechowo odpadła w ¼ finału z Rabotniczki Skopje.
Obniżenie lotów (7. miejsce) i ponowną porażkę w ćwierćfinale Pucharu Macedonii przyniósł sezon 2000/2001. Za to sezon 2001/2002 był jednym z najowocniejszych w ówczesnej historii klubu – drużyna zajęła w zreorganizowanej lidze (wprowadzono podział na grupę spadkową i mistrzowską) 3. miejsce i awansowała do finału Pucharu Macedonii, gdzie uległa jednak z drużyną Pobeda Prilep 1-3. Wysoka pozycja w lidze pozwoliła na kolejny występ w Pucharze Intertoto (w sezonie 2002), który jednak zakończył się blamażem i odpadnięciem już w I rundzie z islandzkim Hafnarfjarðar (porażka 1-3 w Skopju i zwycięstwo 2-1 na wyjeździe). Wokół tego dwumeczu było wiele kontrowersji, doniesień o rzekomym ustawieniu tego spotkania, ale ostatecznie niczego nie udowodniono. W krajowych rozgrywkach sezonu 2002/2003 Cementarnica skupiła się na krajowym pucharze, gdyż po słabym początku ligi było jasne że powtórzenie sukcesu z poprzedniego sezonu jest mało prawdopodobne. Ostatecznie biało-niebiescy ukończyli sezon na 8.