Małżeństwo i panowanie pary carskiej zostało gwałtownie przerwane nad ranem 27 maja 1606 roku, gdy z inspiracji bojara Wasyla Szujskiego doszło w Moskwie do zamachu stanu. Zbuntowany tłum mieszczan wdarł się na Kreml i zabił Dymitra Samozwańca. Maryna uniknęła losu męża. Najpierw udało jej się wykupić kosztownościami z rąk oprawców, a później uciec z pałacu pod spódnicą ochmistrzyni Barbary Kazanowskiej. Została jednak schwytana podczas rzezi obozu polskiego i 2 czerwca 1606 roku uwięziona. Nowy car Wasyl IV Szujski potraktował ją jako zakładniczkę i zesłał wraz z ojcem do Jarosławia.
Walka Maryny o tron rosyjski thumb|upright|Wieża Maryny w Kołomnie Carowa Maryna i Jerzy Mniszech przebywali w jarosławskim areszcie do maja 1608 roku. Na mocy rozejmu między carem Wasylem IV Szujskim i królem Zygmuntem III Wazą Mniszchowie odzyskali wolność i otrzymali prawo wyjazdu z Rosji.
Podczas podróży powrotnej do Rzeczypospolitej wojewoda sandomierski, wciąż żądny bogactw, postanowił zawrócić i przyłączyć się do oblegającej Moskwę II dymitriady. Przekonał też córkę, aby uznała za swojego męża Dymitra Samozwańca II.