Przy dłuższym transferze (ponad godzinnym) przeprowadzanym w taki sposób konieczne jest chłodzenie.
W przypadku elektrotransferu półsuchego „kanapka” żel-membrana obłożona jest kilkoma warstwami bibuły Whatmana nawilżonej buforem i ułożona w pozycji poziomej. W ten sposób białka przenoszone są szybciej, zwykle taniej, potrzeba mniej buforu i można stosować różne bufory po stronie anody i katody. Z reguły jednak wydajność przeniesienia białek jest niższa.
Podstawowym buforem w elektrotransferze białek jest bufor Tris-glicyna, na ogół o pH wyższym niż pI przenoszonych białek. Stosuje się także dodatki w postaci metanolu lub SDS. SDS przyśpiesza migrację białek, ale może osłabiać wiązanie białek do membrany. Metanol ułatwia dysocjację kompleksów SDS-białko, wzmacnia wiązanie białek do membrany, ale może powodować denaturację dużych białek, obniżać wydajność przenoszenia białek, chemicznie je modyfikować.