Silnik Do napędu MC12 posłużył ważący 232 kilogramy, sześciolitrowy (5998 cm³) silnik V12 stosowany w Ferrari Enzo. Każdy cylinder wyposażony został w cztery zawory, smarowanie odbywa się poprzez suchą miskę olejową, stopień kompresji wynosi 11,2:1. Gwarantuje to maksymalny moment obrotowy równy 652 Nm przy 5500 obr./min oraz moc maksymalną 465 kW (632 KM przy 7500 obr./min. Maksymalna prędkość obrotowa z jaką może pracować silnik to 7500 obr./min. W modelu Enzo ten sam silnik może pracować z prędkością 8200 obr./min.
Według danych producenta Maserati MC12 jest w stanie rozpędzić się od 0 do 100 km/h w 3,8 s (redakcja Motor Trend Magazine osiągnęła czas 3,7 s), natomiast od 0 do 200 km/h w 9,9 s. Czas przejazdu 1/4 mili (około 400 m) ze startu zatrzymanego zajmuje 11,3 s przy prędkości końcowej przejazdu 200 km/h. Pokonanie jednego kilometra ze startu zatrzymanego zajmuje 20,1 s. Prędkość maksymalna wynosi 330 kilometrów na godzinę (205 mph). Średnie spalanie w cyklu mieszanym wynosi około 19,3 l/ 100 km.