Nadwozie Nadwozie samochodu, zbudowane w całości z włókien węglowych, przeszło wiele dokładnych testów w tunelu aerodynamicznym. Podczas projektowania zwracano uwagę na to, by w każdej płaszczyźnie została zapewniona maksymalna siła docisku. Z tego względu w tylnej części nadwozia zamontowano szeroki na dwa metry spoiler o grubości zaledwie 30 milimetrów. Dodatkowo maksymalnie wygładzono spód pojazdu, zdecydowano się także na montaż dyfuzorów w tylnym zderzaku. Powietrze kierowane jest do komory silnikowej poprzez wloty powietrza umieszczone nad silnikiem; to właśnie z powodu ich umiejscowienia Maserati MC12 jest wyższe od Enzo.
Nadwozie dostępne jest tylko w jednym odcieniu, niebiesko-białym. Jest to hołd dla wyścigowego teamu America Camoradi, który na początku lat 60. XX wieku wybrał za swój samochód Maserati Tipo Birdcages. MC12 jest dość niewygodny i mało praktyczny w codziennym użytkowaniu. Spowodowane jest to głównie jego rozmiarami: samochód jest bardzo długi i szeroki, szerszy nawet od terenowego Hummera H2. W połączeniu z brakiem tylnej szyby sprawia to, że manewrowanie nim (np. parkowanie) jest bardzo trudne i wymaga dużej ostrożności.