Lata powojenne Po drugiej wojnie światowej kościół i klasztor zostały zamknięte. Znajdujące się w klasztorze relikwie bł. Jana z Dukli zostały przewiezione do Rzeszowa, a później do kościoła Bernardynów w rodzinnej Dukli. W klasztorze umieszczono szkołę muzyczną oraz biura i Centralne Państwowe Archiwum Historyczne Ukraińskiej SRR (od 1991 r. Ukrainy). W latach 1976–1977 zespół poddano gruntownej restauracji i przekazano pod nadzór Lwowskiej Galerii Obrazów.
Sam kościół po zamknięciu po II wojnie światowej pozostawał niewykorzystany. Stał pusty i popadał w ruinę z powodu czynników atmosferycznych – wiele okien było rozbitych i zaciekał dach. Przekazany przez władze miejskie wraz z częścią dawnego klasztoru greckokatolickiemu zakonowi Bazylianów został otwarty w listopadzie 1991 jako cerkiew św. Andrzeja Apostoła. Obrządek Bazylianów jest najbliższy rzymskokatolickiemu, wiąże się z tym ich „tolerancja” wobec zachodnich form sztuki sakralnej, w szczególności akceptacja posągów i „zachodniego” stylu wystroju świątyni. Można przypuszczać, że z tym wiąże się także mała ilość zmian we wnętrzu.
W marcu 2026 roku w wyniku rosyjskiego ataku dronów na Lwów doszło do uszkodzenia wieży świątyni.