W chwili I rozbioru Rzeczypospolitej w konwencie żyło 61 braci zakonnych. Choć klasztor bernardynów szczęśliwie uniknął kasaty józefińskiej w 1783, to część gmachów klasztornych zajęto na cele archiwum, które gromadziło akta grodzkie i ziemskie okolicznych ziem byłego województwa ruskiego.
W 1786 kościół bernardynów znalazł się w obrębie nowo utworzonej parafii przy pokarmelitańskim kościele Nawiedzenia Najświętszej Marii Panny, a po trzech latach sam stał się siedzibą tej parafii.
Do 1806 roku zarząd nad kościołem sprawowali księża diecezjalni, a później przejęli go bernardyni.
W 1829 przy konwencie utworzono Studium Generalne dla zakonników.
W 1860 w ołtarzu głównym umieszczono nowy obraz – kopię dzieła Pierantonio Marratrissa „Matka Boska z Foligno” z bł. Janem z Dukli, którą namalowała Zofia Fredrówna, córka Aleksandra Fredry.
W latach 1824, 1882–1883 i w 1906 poddano konserwacji polichromie Benedykta Mazurkiewicza.