jej współreżyserem był Karol Szołowski, a w głównych rolach obsadzono Elżbietę Barszczewską i Jerzego Pichelskiego. Planowana na 6 września 1939 premiera Nad Niemnem nie mogła jednak się odbyć ze względu na agresję nazistowskich Niemiec na Polskę. Aby zapobiec przechwyceniu filmu przez Niemców (którzy zamierzali przemontować go na użytek propagandowy), kopię wzorcową filmu podzielono na trzy części i ukryto w miejscu nieznanym nawet reżyserce; Jakubowska nigdy nie odnalazła owego materiału filmowego, w związku z czym Nad Niemnem uznano za zaginiony.
Czasy okupacji Od 1941 Jakubowska była członkinią konspiracyjnej organizacji Polscy Socjaliści, powstałej przy Polskiej Partii Socjalistycznej; zajmowała się między innymi kolportażem pisma „Barykada Wolności” na Żoliborzu. Od 1942 (do jej połączenia z PPS w 1948) należała do Polskiej Partii Robotniczej. 30 października 1942 za działalność konspiracyjną została aresztowana przez Gestapo i osadzona wraz z Szymonem Syrkusem i Jarosławem Ładoszem w więzieniu na Pawiaku. 28 kwietnia 1943 deportowano ją do obozu koncentracyjnego w Auschwitz-Birkenau (numer więzienny 43513), dokąd dotarła w dniu następnym 29 kwietnia. Zdołała przeżyć dzięki pomocy innych więźniarek z socjalistycznego ruchu oporu.