Religia Niwchowie wyznają prawosławie i szamanizm. Wierzenia religijne Niwchów opierały się na animizmie i kultach lokalnych, wierze w duchy zamieszkujące wszędzie – na niebie, na ziemi, w wodzie, w tajdze. Istotną rolę odgrywał kult niedźwiedzia. Każdy niedźwiedź był uważany za syna „Gospodarza Tajgi”, więc polowanie na niego towarzyszyło obrzędom związanym z kultem łowów. Święto niedźwiedzia obchodzono w styczniu lub lutym, w zależności od klanu. Niedźwiedź kiedy został złapany lub kupiony od Negidalów lub Nanajów, był wychowywany przez 3–4 lata w specjalnym domu z bali, po czym organizowano święto ku czci zmarłych krewnych. Podczas uroczystości niedźwiedzie były ubrane w specjalny kostium, prowadzane po domach i karmione z misternie rzeźbionych drewnianych naczyń. Nie wolno było do niedźwiedzia podchodzić kobietom. Po wszystkim zwierzę składano w ofierze (zabijano je strzałem z łuku). Na czole martwego niedźwiedzia umieszczano naczynie, ponownie „ugaszczając” nim zwierzę. W przeciwieństwie do innych ludów dorzecza Amuru, Niwchowie kremowali zmarłych, paląc ich na wielkim ognisku w tajdze i płakali rytualnie. W starożytności praktykowali rytuał pochówku powietrznego.