Blake został wyparty przez sztorm w październiku i wtedy Rupert wymknął się do Lizbony, gdzie powiększył swą flotę do 13 okrętów. Blake wyszedł w morze w lutym 1650 r. i zarzucił kotwice koło Lizbony, próbując wywrzeć nacisk na króla Portugalii Jana IV, by ten cofnął swą protekcję dla Ruperta i zmusił go do wypłynięcia z lizbońskiego portu. Po dwóch miesiącach król Portugalii nadal wspierał flotę Ruperta. W tym czasie do Blake’a dołączyły 4 okręty dowodzone przez Edwarda Pophama, który przywiózł ze sobą pozwolenie rządu na rozpoczęcie działań wojennych przeciwko Portugalii.
Książę Rupert dwukrotnie usiłował bez powodzenia przełamać blokadę, która w końcu została zniesiona po tym, jak Blake odpłynął do Kadyksu z 7 statkami, które zdobył po trzygodzinnej walce z 23 okrętami portugalskiej floty. Podczas tej walki utonął portugalski wiceadmirał. Blake 3 listopada w pobliżu Malagi ponownie starł się z Rupertem, tym razem z 6 okrętami, zdobywając 1 okręt. Dwa dni później podczas próby ucieczki z Cartageny inne okręty Ruperta zostały zepchnięte na mieliznę, zabezpieczając panowanie Parlamentu na morzu. W lutym 1651 r. Parlament nagrodził Blake’a kwotą 1000 funtów szterlingów. W czerwcu tego samego roku Blake opanował archipelag Scilly, ostatnią przystań marynarki wojennej Rojalistów.