Na morzu Blake został generałem na morzu (ranga odpowiadająca admirałowi) w 1649 r. Często mówi się o nim jako o „ojcu angielskiej marynarki wojennej”. Przyczynił się w znacznym stopniu do wybudowania największej floty, jaką Anglia kiedykolwiek miała – z kilkudziesięciu okrętów do ponad stu. Był pierwszym dowódcą, który wyprowadził flotę w morze podczas zimy. Rozwinął nowe techniki morskich blokad i desantów. W okresie rekonwalescencji po otrzymanych ranach w 1653 r. napisał „Instrukcje żeglarskie” („Sailing instructions”) oraz „Instrukcje bojowe” („Fighting Instructions”), które stały się podstawą angielskiej taktyki walki na morzu w czasach panowania okrętów żaglowych. Był pierwszym, któremu wielokrotnie powiódł się atak w obecności nadbrzeżnych fortów nieprzyjaciela.
Angielska wojna domowa Dnia 11 stycznia 1649 r. książę Rupert prowadził 8 okrętów z niepełnymi załogami do Kinsale w Irlandii w celu przeszkodzenia wojskom Parlamentu w przejęciu Irlandii z rąk Rojalistów. Blake blokował flotę Ruperta w Kinsale od 22 maja, umożliwiając Cromwellowi lądowanie w Dublinie 15 sierpnia 1649 r.