Podczas okupacji powstały Sonata Organowa, Magnificat, Concertino na fortepian i orkiestrę.
Do Katowic wrócił po wyzwoleniu w lutym 1945 r. i od razu włączył się w powojenny rozruch katowickiego konserwatorium. Po jego reorganizacji na Państwową Wyższą Szkołę Muzyczną został dziekanem wydziału pedagogicznego. Zaczynał też wykładać kompozycję i do 1955 r. grę na organach. W tym samym roku razem z bratem Józefem otworzył w Katowicach Ligocie prywatną szkołę umuzykalniającą. Jego placówka przetrwała do 1950 r. W 1959 r. został profesorem zwyczajnym. Renomę kompozytora na skalę krajową Szabelski zaczął zdobywać w drugiej połowie lat 40. Jego utwory wykonywała wówczas katowicka orkiestra Polskiego Radia pod kierunkiem Grzegorza Fitelberga, później jego utwory wykonywano pod dyrekcją innego znakomitego śląskiego dyrygenta Karola Stryi lub Jana Krenza. Echa twórczości Szabelskiego szybko przedostały się za granicę. Szabelski utrzymywał kontakty m.in. z francuską kompozytorką i pedagogiem Nadią Boulanger, czy działającym w USA polskim dyrygentem Leopoldem Stokowskim, który wykonał m.in. Toccatę w USA. Władze PRL nie godziły się na zagraniczne wyjazdy Szabelskiego – poza wizytą w Jugosławii w latach 60.