Uczestnik wojny obronnej 1939. Walczył w składzie 29 Dywizji Piechoty, która 8 września została rozbita przez Niemców. Jan Kamiński uniknął niewoli i przedostał się w rejon Kampinosu. Na początku listopada 1939 roku nielegalnie przedostał się do Ostrowa Wlkp. i będąc zakonspirowany przez podziemie prowadził tajną działalność wojskową. Od kwietnia 1940 wchodził w skład sztabu inspektoratu rejonowego ZWZ w Ostrowie Wielkopolskim. Utworzył w latach 1940–1941 szereg terenowych placówek ZWZ. Nawiązał w Kępnie, Jarocinie i Krotoszynie współpracę z komendami obwodowymi oraz zorganizował grupę kurierów do utrzymania łączności z komendą Poznańskiego Okręgu ZWZ. Jesienią 1941 po rozbiciu struktur poznańskich Związku przez gestapo zajmował się ponowną organizacją Okręgu w Poznaniu. Koordynował łączność ZWZ Wielkopolski z Komendą Główną Związku. Jako mandatariusz Komendy Głównej odbudowywał w latach 1941–1942 sieć organizacyjną Poznańskiego Okręgu, a inspekcji okręgu dokonywał przebrany w mundur niemieckiego kolejarza. W sierpniu 1942 w sztabie okręgu pełnił kolejno funkcje: szefa wydziału organizacyjnego, łączności, Biura Informacji i Propagandy, a awansując do stopnia kapitana szefa sztabu AK na Poznańskie. Realizował od wiosny 1943 proces scalania wojskowych organizacji podziemnych Wielkopolski z AK.