Od roku 2003, wśród priorytetów Fundacji znalazły się: wzmacnianie roli i aktywności społeczeństwa obywatelskiego, propagowanie swobód obywatelskich i zasad państwa prawa oraz rozwijanie współpracy i solidarności międzynarodowej. Fundacja postawiła też na długofalowe finansowanie określonych projektów i instytucjonalne wzmacnianie trzeciego sektora. Do końca 2008 roku, Fundacja Batorego przekazała 430 takich dotacji, przeznaczając na nie ponad 56 milionów złotych, z czego 11 milionów trafiło dla 10 organizacji budujących kapitały wieczyste. Fundacja wspiera tworzenie funduszy lokalnych, działania Sieci Wspierania Organizacji Pozarządowych SPLOT i Centrów Wolontariatu.
Od 2006 roku, pod hasłem „Masz głos, masz wybór”, Fundacja Batorego prowadzi działania mające na celu zainteresowanie obywateli sprawami ich wspólnoty i zachęcenie ich do uczestnictwa w życiu publicznym. Cele te realizowała m.in., współorganizując ogólnopolskie kampanie profrekwencyjne zachęcające obywateli do świadomego udziału w wyborach do samorządu (2006), Sejmu (2007) i Parlamentu Europejskiego (2009), a także prowadząc monitoring obietnic wyborczych.