Lata 1994–1998 były okresem dynamicznego rozwoju. Budżet Fundacji wzrósł prawie trzykrotnie (z 15 do 40 mln zł), a liczba pracowników zwiększyła się do 60 osób. Fundacja rozszerzyła swoją działalność o obszary wcześniej nieobecne w świadomości społecznej, takie jak: równouprawnienie kobiet, przemoc domowa i przemoc wobec dzieci, opieka paliatywna i ruch hospicyjny. W tym okresie Fundacja ostatecznie ukształtowała swój profil organizacji przede wszystkim grantodawczej, skupiając się na przekazywaniu dotacji na działania osób prywatnych, organizacji pozarządowych i instytucji.
W latach 1999–2002 zajęła się realizacją zadań, podyktowanych zbliżającym się wstąpieniem Polski do Unii Europejskiej. Powstał Program Europejski, programy Edukacji Prawnej i Przeciw Korupcji. W związku z realizacją nowych programów i jednocześnie pojawiającymi się ograniczeniami budżetowymi, Fundacja zrezygnowała z bezpośredniego wspierania podmiotów gospodarczych, zmniejszyła środki przeznaczane na szkolnictwo wyższe i stypendia akademickie, a w dziedzinie kultury ograniczyła się do wspierania jedynie inicjatyw podejmowanych na prowincji.
Fundacja otrzymała tytuł „Organizacja Pozarządowa Roku” 2002 Forum Ekonomicznego.