Aż do 1640 bezpośredni wpływ na całość portugalskiej polityki mieli Habsburgowie. Filip II nie liczył się z interesami podporządkowanego królestwa, które straciło w tym czasie sporą część swoich zamorskich posiadłości na rzecz Niderlandów (inwazja na brazylijski stan Pernambuco w 1630; utrata Indonezji) i Francji (m.in. Fort Coligny, założony w 1555 w okolicach dzisiejszego Rio de Janeiro, aneksja Złotego Wybrzeża).
1 grudnia 1640 roku niewielka grupa spiskowców wtargnęła do pałacu królewskiego w Queluz pod Lizboną i uwięziła regentkę Portugalii, księżną Mantui. Wyniesiona w tym samym roku na tron dynastia Bragança kontynuowała politykę wyzysku kolonii i monopolu królewskiego na większość przychodów monarchii. Przy budowanym od 1717 roku za pieniądze z brazylijskiego srebra klasztorze w Mafrze pracowało w szczytowym okresie 50 tys. robotników. Po obejrzeniu gromadzącej około 35 tys. dzieł klasztornej biblioteki George Gordon Byron miał rzec Czy Anglicy mają w swoim kraju jakieś książki?