Palmer sugeruje, że nazwa ta pochodzi od słowa Macaquo oznaczającego w Kongu makaka i zaadoptowaną przez Buffona w 1766 roku. fuscata: „ciemny”, od fuscare „przyciemnić, zaciemnić”, od fuscus „mrok, ciemny, czarny”. yakui: Yaku-shima, Japonia.
Zasięg występowania Makak japoński występuje w zależności od podgatunku: M. fuscata fuscata – makak japoński – Wyspy Japońskie na południe od cieśniny Tsugaru, na wyspach Honsiu, Sikoku i Kiusiu oraz w pobliżu wysepek Kōjima, Kashima, Awajishima, Shodoshima i Kinkazan. M. fuscata yakui – makak pacyficzny – Wyspy Japońskie (wyspa Yaku-shima, około 60 km na południe od Kiusiu).
Morfologia Cechą charakterystyczną makaka japońskiego jest goła, czerwona twarz, którą okala dłuższa sierść, przypominająca grzywę. Długość ciała (bez ogona) samic 46,4–60,1 cm, samców 47,2–65 cm, długość ogona samic 8,1 cm, samców 8,7 cm; masa ciała samic 4–13,8 kg, samców 5,6–18,4 kg.
Makaki japońskie są w dużej mierze czworonożne. Samice spędzają na drzewach więcej czasu niż samce. Małpy te są doskonałymi pływakami – zaobserwowano, że są w stanie przepłynąć ponad pół kilometra. Lubią kąpiele w gorących źródłach, licznych w Japonii.