M. fuscata należy do grupy gatunkowej fascicularis. Wydaje się, że M. fuscata przybył do Japonii poprzez przodka prawdopodobnie podobnego lub identycznego jak M. mulatta z Półwyspu Koreańskiego do Kiusiu-zachodnie Honsiu w środkowym plejstocenie. Podczas jednego lub dwóch okresów lodowcowych około 0,63–0,43 mln lat temu nastąpiło obniżenie poziomu morza, co najwyraźniej zaowocowało powstaniem teraz już zatopionych mostów lądowych. Najstarsze skamieniałości makaków znalezione w Japonii to ząb trzonowy i kość ramienna, które są podobne do tych występujących u M. fuscata. Ich wiek jest trudny do ustalenia, ale dzięki powiązaniu ich ze skamieniałościami trąbowców, są one wstępnie datowane na wiek jednego lub drugiego z tych mostów lądowych; skamieniałości makaków z Półwyspu Koreańskiego są mniej więcej w tym samym wieku.
Autorzy Illustrated Checklist of the Mammals of the World rozpoznają dwa podgatunki.
Etymologia Macaca: , rodzaj żeński od macaco „małpa”;