Tomy Encyklopedię wydało Polskie Towarzystwo św. Tomasza z Akwinu (Società Internazionale San Tommaso d’Aquino), oddział w Lublinie, w latach 2000–2009.Strona wydawnictwa PTTA, na której są dostępne: Wstęp do Encyklopedii, omówienie jej celów i procesu redakcyjnego, wywiady z twórcami encyklopedii i teksty na jej temat, opublikowane w czasopismach recenzje PEF, alfabetyczny spis haseł, a także bardzo liczne artykuły z PEF w formacie pdf.
Ukazały się: t. 1. (2000): A-B (Abélard, Pierre – byt konieczny), s. 799, . t. 2. (2001): C-D (Cabanis, Pierre Jean Georges – dżinizm), s. 837, . t. 3. (2002): E-Gn (Ebbinghaus, Hermann – gnozeologia), s. 829, . t. 4. (2003): Go-Iq (Gobineau, Joseph Arthur de – Iqbāl, Muḥammad), s. 932, . t. 5. (2004): Ir-Ko (Ireneusz z Lyonu – Kozłowski, Władysław Mieczysław), s. 934, . t. 6. (2005): Kr-Mc ( – McTaggart, John McTaggart Ellis), s. 980, . t. 7. (2006): Me-Pań (Mead, Georg Herbert – państwo), s. 996, . t. 8. (2007): Pap-Sc ( – scjentyzm), s. 995, . t. 9. (2008): Se-Ż ([ Sebastian Petrycy – tylko odsyłacz];