Wszystkie artykuły i hasła w PEF są artykułami autorskimi – respektuje się punkt widzenia autora artykułu. Filozof w sprawach filozoficznie doniosłych, a przez to niejednokrotnie kontrowersyjnych, musi zająć stanowisko własne. Każda encyklopedia filozoficzna na świecie reprezentuje stanowisko kierunku filozoficznego czy nurtu myśli, do jakiej należą jej autorzy i zespół redakcyjny. Najczęściej odbywa się to w ten sposób, że po przedstawieniu stanowisk różnych myślicieli na temat danego problemu filozoficznego siłą rzeczy następuje zajęcie stanowiska własnego wobec omawianego problemu.
Zamiast neutralnego, w PEF przyjmuje się punkt widzenia obiektywny, albo realistyczny, czyli odwołujący się do rzeczy – do bytu. Taki punkt widzenia reprezentuje filozofia nurtu arystotelowsko-tomistycznego. Encyklopedia prezentuje przede wszystkim dorobek Lubelskiej Szkoły Filozoficznej w dziedzinie metafizyki, teorii poznania, etyki, historii filozofii, estetyki, logiki i ogólnej metodologii nauk i innych nauk filozoficznych.