boreliozę lub wirusowe zapalenie wątroby; działania niepożądane leków – rozlane bóle mogą występować m.in. w związku ze stosowaniem statyn, opioidów, bisfosfonianów i inhibitorów aromatazy.
Fibromialgia i ME/CFS mają częściowo nakładający się obraz kliniczny. W obu mogą występować przewlekłe zmęczenie, zaburzenia snu, zaburzenia funkcji poznawczych i ból. W fibromialgii podstawową cechą jest przewlekły uogólniony ból, natomiast jednym z kluczowych kryteriów ME/CFS jest pogorszenie po wysiłku (ang. post-exertional malaise, PEM), czyli nasilenie objawów po wysiłku fizycznym lub poznawczym, z czasem powrotu do stanu wyjściowego wynoszącym od godzin do nawet kilku tygodni. Pogorszenie dolegliwości bólowych po wysiłku opisywano jednak również u osób z fibromialgią, dlatego sam ten objaw nie pozwala na jednoznaczne różnicowanie obu zespołów. Fibromialgia i ME/CFS mogą również współistnieć u tej samej osoby.
W badaniu przedmiotowym osób z fibromialgią typowa jest rozlana bolesność bez innych charakterystycznych nieprawidłowości. Obecność obrzęku, cech zapalenia lub deformacji stawów powinna skłaniać do poszukiwania innej lub współistniejącej choroby.