Sezon 2008/2009 thumb|left|Urban Zamernik podczas konkursu o indywidualne mistrzostwo świata juniorów w Szczyrbskim Jeziorze w 2009 roku W sezonie 2008/2009 Urban Zamernik nie został zgłoszony do żadnych zawodów pucharowych. Jedynymi zawodami międzynarodowymi organizowanymi przez Międzynarodową Federację Narciarską, w których wystartował były mistrzostwa świata juniorów w Szczyrbskim Plesie. W oficjalnych treningach rozegranych 3 lutego 2009 roku Zamernik zajął 85. (67 metrów) i 80. pozycję (72,5 metra). Dzień później w kolejnych dwóch seriach treningowych zajął 75. (74,5 metra) i 91. (65,5 metra) miejsce. 5 lutego 2009 roku Urban Zamernik po raz drugi w karierze wystartował w zawodach o mistrzostwo świata juniorów. Ze skokiem na 69 metrów i notą łączną 60,5 punktu został sklasyfikowany na 74. pozycji.
1 marca 2009 roku Międzynarodowy Komitet Olimpijski, na wniosek Chorwackiego Komitetu Olimpijskiego, przyznał Urbanowi Zamernikowi roczne stypendium olimpijskie, trwające do końca lutego 2010 roku.