Trzecim krokiem króla była zbrojna akcja przeciwko opornym. Jeden po drugim upadały kolejne zamki buntowników, wreszcie po 6-tygodniowym oblężeniu skapitulował zamek Pevensey i do niewoli dostał się przywódca rebelii, biskup Odon. Buntownicy zostali ukarani. Biskup, który utracił wszystkie włości i cały majątek, udał się na wygnanie do Normandii. Robert de Mowbray spędził resztę życia w więzieniu. Natomiast de Montgomerie, zgodnie z królewską obietnicą, został obsypany zaszczytami i pieniędzmi.
Konflikt z Kościołem Po pozbyciu się niewygodnych baronów Wilhelm umocnił swoją pozycję na wewnętrznej scenie politycznej królestwa. Jego głównym przeciwnikiem stała się wówczas organizacja kościelna, która właśnie prowadziła walkę o inwestyturę. Wilhelm dążył do tego aby inwestytura duchowieństwa pozostawała w jego rękach. Póki żył arcybiskup Lanfranc, Wilhelm utrzymywał przyjazne stosunki z Kościołem. Kiedy Lanfrank umarł w 1089 r., stosunki te zaczęły się pogarszać. Do otwartego konfliktu doszło w 1093 r., kiedy to nowym arcybiskupem został uczony i gorący zwolennik odebrania władzy świeckiej prawa do inwestytury duchownych, Anzelm z Aosty.