Piotrowi Aronowi zakazano wjazdu do Mołdawii.
Rządy thumb|left|Godło Mołdawii z 1481 roku (monastyr Putna) W 1461 zaatakował Siedmiogród, gdzie przeniósł się z Polski po podpisaniu układu polsko-mołdawskiego Piotr Aron, nie zdołał jednak go schwytać. W roku następnym spróbował odzyskać oddaną Węgrom przez jednego z poprzedników Kilię, ważny port czarnomorski, kluczowy dla rozwoju handlu mołdawskiego. Udało mu się tego dokonać ostatecznie w 1465, co wywołało reakcję węgierską: w 1467 król węgierski Maciej Korwin uderzył na Mołdawię, zdobywając kilka miast, Stefan jednak pokonał go 15 grudnia pod Baia. W odpowiedzi hospodar mołdawski najechał kilkakrotnie Siedmiogród, podczas jednej z tych wypraw chwytając i zabijając mordercę swego ojca, Piotra Arona. Zdołał w tym czasie także pokonać Tatarów.
Od 1470 zaangażował się aktywnie w sprawy wewnętrzne Wołoszczyzny z uwagi na protureckie nastawienie tamtejszego hospodara Radu Pięknego. Wielokrotne interwencje militarne Stefana miały na celu usunięcie władców sprzyjających Turkom i zastąpienie ich hospodarami antyosmańskimi (m.in.