W ostatnich dekadach XIX wieku i pierwszych wieku XX ławra Poczajowska stała się ośrodkiem rosyjskiego nacjonalizmu i Czarnej Sotni.
Po odzyskaniu niepodległości przez Polskę monaster znalazł się w jurysdykcji Polskiego Autokefalicznego Kościoła Prawosławnego i był jego największym sanktuarium i ośrodkiem pielgrzymkowym. Honorowy tytuł przełożonego ławry Poczajowskiej przysługiwał metropolicie warszawskiemu i całej Polski. W 1939, gdy wschodnie województwa II Rzeczypospolitej zostały zagarnięte przez ZSRR, monaster ponownie przyjął zwierzchnictwo Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego. Funkcjonował przez cały okres II wojny światowej. Nie został również nigdy zamknięty w czasie powojennej przynależności do Związku Radzieckiego, chociaż mnisi byli – zwłaszcza w latach 60. XX wieku – poddawani szykanom i stracili cały majątek klasztorny. Od 1990 funkcjonuje w jurysdykcji Ukraińskiego Kościoła Prawosławnego Patriarchatu Moskiewskiego, tradycyjnie opowiadając się za zachowaniem przez patriarchat moskiewski zwierzchności nad prawosławnymi strukturami na Ukrainie. Przywilej stauropigii uzyskał w 1997. Honorowym przełożonym wspólnoty jest od tego roku metropolita kijowski i całej Ukrainy, którego na miejscu reprezentuje namiestnik noszący tytuł biskupa poczajowskiego.