doszło do cudownego ocalenia monasteru przed najazdem tureckim, za sprawą bezpośredniej interwencji Maryi.

Na początku XVIII wieku monaster przyjął unię i do 1833 był administrowany przez zakon bazylianów. W okresie tym powstała większość istniejących do dziś budynków klasztornych, w tym główny sobór Zaśnięcia Matki Bożej w stylu rokoko (ufundowany przez Mikołaja Bazylego Potockiego), zaś kult Poczajowskiej Ikony Matki Bożej rozszerzył się na cały teren Rzeczypospolitej (był odtąd obecny nie tylko wśród chrześcijan wschodnich obrządków). W 1773 obraz ten został koronowany z błogosławieństwa papieskiego. Bazylianie prowadzili w Poczajowie drukarnię i oni jako pierwsi zaczęli nazywać monaster ławrą.

W konsekwencji rozbiorów Rzeczypospolitej Poczajów znalazł się w 1795 w granicach Imperium Rosyjskiego. W 1833, z powodu poparcia bazylianów dla powstania listopadowego, klasztor został skonfiskowany przez władze rosyjskie i oddany Rosyjskiemu Kościołowi Prawosławnemu. Od tego momentu jest on męską wspólnotą tego wyznania. Mnisi prawosławni usunęli z wyposażenia monasterskich cerkwi elementy pochodzenia łacińskiego. Najważniejszą inwestycją budowlaną dokonaną w czasie przynależności ławry Poczajowskiej do Imperium Rosyjskiego było wzniesienie soboru Trójcy Świętej, jednego z najważniejszych zabytków wczesnego modernizmu rosyjskiego.