Potem zamieszkała w ufundowanym przez siebie klasztorze klarysek Santa Clara-a-Velha w Coimbrze i przywdziała habit zakonu klarysek (o regule opartej na ubóstwie i pomocy chorym oraz biednym), nie składając jednak ślubów, co umożliwiło jej zachowanie majątku, który przeznaczała na dzialalność dobroczynną.
W 1336 Alfons IV pomaszerował ze swoim wojskiem przeciwko Alfonsowi XI Kastylijskiemu, któremu zarzucił złe traktowanie swojej żony Marii, córki króla portugalskiego. Królowa wyruszyła z misją pokojową, lecz w jej trakcie zachorowała na dżumę i wkrótce zmarła 4 lipca 1336 w Estremoz. Pokój został zawarty dopiero trzy lata po śmierci Elżbiety, dzięki interwencji samej Marii Portugalskiej, na mocy traktatu podpisanego w Sewilli w 1339.
Elżbieta została pochowana w klasztorze Santa Clara-a-Velha w Coimbrze, a grób jej był podobno miejscem licznych cudów. Wraz z postępującym zalewaniem klasztoru Santa Clara-a-Velha w Coimbrze przez wody rzeki Mondego, w XVII wieku konieczna stała się budowa nowego klasztoru Santa-Clara-a-Nova. W 1677 przeniesiono ciało świętej królowej Izabeli z kamiennego grobowca, w którym spoczywała od 1336, do nowego grobowca ze srebra, który przetransportowano do klaszoru Santa-Clara-a-Nova, gdzie spoczywa po dzień dzisiejszy.