Lek ulega w wątrobie metabolizmowi przez CYP450 3A4 do hydrofilnych 4-hydroksyalprazolamu (mniej aktywny), α-hydroksyalprazolamu (bardziej aktywny) i nieczynnej psychotropowo pochodnej benzofenonu. Badania wskazują, że w mózgu, w porównaniu z wątrobą, dochodzi do większej syntezy α-hydroksyalprazolamu. Istnieje także podejrzenie, że czas półtrwania tego metabolitu w mózgu jest dłuższy niż na obwodzie. Działanie leku po podaniu doustnym rozpoczyna się szybko, najczęściej w ciągu 15 -30 minut i utrzymuje się około kilku godzin. Duże znaczenie mają metaboliczne zdolności organizmu. U palaczy tytoniu okres ten może być krótszy z uwagi na to, że zarówno alprazolam, jak i nikotyna są metabolizowane przez ten sam cytochrom CYP450. Środki takie jak sok grejpfrutowy mogą znacznie nasilić działanie alprazolamu, często działanie może być kilkukrotnie silniejsze. Jest to spowodowane tym, że substancje zawarte w soku działają na cytochrom CYP450, który metabolizuje alprazolam i w wyniku tego alprazolam jest wolniej metabolizowany a jego poziom w układzie krążenia wysoki.