Doszedł jednak do wniosku, że nie jest to najlepsze schronienie, dlatego postanowił udać się wraz z synem Janem Tęczyńskim oraz kilkoma przyjaciółmi do kościoła franciszkanów. Tam został zabity, a jego zwłoki wywleczono na ulicę i zbezczeszczono – osmalono mu brodę i wąsy, zaciągnięto rynsztokiem na ratusz i pozostawiono tam na trzy dni.
Płatnerz Klemens zdołał uciec z Krakowa do Wrocławia (skąd został wyproszony przez radę miejską, ostatecznie osiadł w Żaganiu). Uciekł także rajca miejski Mikołaj Kridlar, który schronił się na zamku w Melsztynie. Kazimierz Jagiellończyk dowiedział się o zamieszkach już 20 sierpnia, kiedy przebywał na Pomorzu. W obozie króla wybuchł bunt szlachty, która chciała natychmiast wracać do Krakowa, aby zemścić się na mieszczaństwie. Król uspokoił szlachtę zapowiadając sprawiedliwy sąd po powrocie.