LaBeouf i Goth rozstali się trzy lata później, w 2025.
W listopadzie 2014 przedstawił instalację #IAMSORRY, w trakcie której został seksualnie napastowany przez roznegliżowaną kobietę. Jego współpracownik, komentując po wydarzeniu zastosowane środki bezpieczeństwa wskazał napis „Do not murder the artist”.
Religia LaBeouf w 2004 napisał rozdział do książki autorstwa Judea Perla, zatytułowanej I am Jewish, w której opisywał swoją relację z Bogiem, w świetle przestrzegania przykazań judaizmu. W październiku 2014 w wywiadzie dla magazynu Interview powiedział: „Odnalazłem Boga podczas kręcenia filmu Furia. Stałem się chrześcijaninem. [...] Brad Pitt odegrał ważną rolę w pokierowaniu mną przez to”.
W sierpniu 2022 w wywiadzie z biskupem Robertem Barronem LaBeouf wyznał, że podjął decyzję o konwersji na katolicyzm po przygotowaniach do filmu o Ojcu Pio oraz po pobycie w klasztorze kapucynów. Stwierdził, że tzw. Msza Trydencka miała kluczową rolę w jego nawróceniu. W dniach 30–31 grudnia 2023 r. LeBouf przyjął sakrament bierzmowania, którego udzielił mu biskup Robert Barron.