Życie prywatne 27 lipca 2008 przeżył wypadek w Los Angeles. Jego Ford F-150 został uderzony przez samochód, który wyjechał na czerwonym świetle. Po wyczuciu przez policjantów od aktora alkoholu został zatrzymany pod zarzutem prowadzenia pojazdu po alkoholu, zatrzymano mu prawo jazdy. Pasażerką LaBeoufa była Isabel Lucas (z którą LaBeouf grał w filmie Transformers: Zemsta upadłych). Aktorka doznała niewielkich obrażeń. Dwa dni później rzecznik aktora poinformował, że LaBeouf nie jest winny spowodowania wypadku, a w 2009 roku oświadczył, że przeszedł trzy operacje ręki. W maju 2010 roku podczas wywiadu powiedział, że w pełni odzyskał ruch w palcach.
Podczas kręcenia filmu Nimfomanka (2012) poznał brytyjską aktorkę Mię Goth, z którą w 10 października 2016 wziął ślub podczas ceremonii w Las Vegas, której przewodniczył imitator Elvisa Presleya. Dwa dni później lokalny urzędnik poinformował, że para nie była formalnie małżeństwem, lecz odbyła się ceremonia ślubna. Jeszcze w tym samym miesiącu LaBeouf potwierdził w programie The Ellen DeGeneres Show, że zawarli związek małżeński. We wrześniu 2018 para rozstała się i złożyła pozew o rozwód. W lutym 2022 doniesiono, że Goth i LaBeouf pogodzili się. Ich córka Isabel urodziła się w 2022.