Seryjne wersje eksportowane do innych krajów wyposażono w znacznie nowocześniejsze fotele Martin-Baker klasy zero-zero umożliwiające ewakuację nawet przy zerowej prędkości i pułapie.
Podstawowym uzbrojeniem strzeleckim maszyny było działko systemu Gatlinga M61 Vulcan kalibru 20 mm i olbrzymiej szybkostrzelności 6000 pocisków na minutę. Działko było zamontowane w dolnej części kadłuba po lewej stronie i zasilane z bębna zainstalowanego za kabiną pilota i zawierającego 725 pocisków. W wersjach dwumiejscowych działka nie było, tak samo jak w rozpoznawczych F-104, a zamiast bębna amunicyjnego instalowano dodatkowy zbiornik paliwa.
Na końcach skrzydeł znajdowały się dwa węzły do podwieszenia pocisków rakietowych AIM-9 Sidewinder lub zbiorników paliwa. W późniejszych wersjach maszyny dodano jeden centralny węzeł podkadłubowy i dwa podskrzydłowe umożliwiające podwieszenie bomb, zasobników z niekierowanymi pociskami rakietowymi, bomby atomowej lub zbiorników.