Na węźle podkadłubowym można było również zainstalować dwuprowadnicową wyrzutnię pocisków AIM-9 Sidewinder o nazwie „catamaran”.
Wersje samolotu F-104 thumb|NF-104A Rocket Starfighter
YF-104A Samolot testowy zbudowany do testów silnika J-79, działka M61 Vulcan, pocisków AIM-9 Sidewinder i montowanych na końcach skrzydeł zbiorników paliwa o pojemności 644 litrów każdy, oraz zdolności samolotu do lotu z takim obciążeniem. Zbudowano 17 egzemplarzy testowych YF-104A.
F-104A Jednomiejscowy dzienny myśliwiec przechwytujący zamówiony przez Dowództwo Obrony Powietrznej Sił Powietrznych Stanów Zjednoczonych (USAF Air Defense Command). Maszyna została wprowadzona do służby w USAF pod koniec lutego 1958 roku. Konstrukcja F-104A była oparta na testowym YF-104, ale została wzmocniona w celu zwiększenia wytrzymałości na przeciążenia. Napęd stanowił silnik turboodrzutowy J79-GE-3B będący unowocześnioną i bardziej niezawodną wersją poprzednich modeli.