W 1933 został dowódcą Okręgu Korpusu nr 1 i dowódcą 1 Dywizji Piechoty w Królewcu. Na początku 1934 otrzymał awans na generała-porucznika. 1 października 1935 został dowódcą I Korpusu Armijnego. 20 kwietnia 1936 mianowano go generałem artylerii. 1 kwietnia 1937 powierzono mu dowództwo nowo powstałej Gruppenkomando IV w Lipsku. 4 lutego 1938 został Naczelnym Dowódcą Wojsk Lądowych i otrzymał awans na generała-pułkownika.
Brauchitsch w tym czasie miał olbrzymie problemy w małżeństwie i nie był w stanie ich sam rozwiązać, co spowodowało, że w jego sprawy rodzinne musiał ingerować Hitler. Dzięki jego pomocy (w tym finansowej) uzyskał rozwód i ożenił się z kochanką. Ta pomoc spowodowała, iż Brauchitsch jako naczelny dowódca sił lądowych popadł w osobistą i finansową zależność od Hitlera, co objawiało się całkowitą służalczością wobec niego.
W czasie agresji na Polsce w 1939 dowodził wojskami niemieckimi. Jako naczelny dowódca lądowych wojsk niemieckich w Polsce Brauchitsch otrzymał od Adolfa Hitlera władzę wykonawczą na obszarach polskich i już 1 września 1939 wydał odezwę do ludności polskiej.