W okresie wojny trzydziestoletniej Magdeburg był zdominowany przez protestantów. Miasto stawiło opór w 1629 r. podczas oblężenia przez wojska czeskiego wodza Albrechta Wallensteina. W nocy z 20/21 maja 1631 wojska cesarskie pod dowództwem Tilly’ego przeprowadziły szturm na fortyfikacje miasta, a po jego zdobyciu żołnierze dokonali rzezi, w wyniku której zginęło ok. 20 000 mieszkańców, zaś majątki zostały złupione, a miasto spalone. W mieście ocalały tylko katedra, klasztor i Nowy Rynek. Wydarzenia te znane są jako Magdeburgs Opfergang i uznawane za jeden z najbardziej znanych epizodów całej wojny. Zgodnie z pokojem westfalskim (podpisanym w 1648), Magdeburg został przydzielony Brandenburgii-Prusom. Po śmierci ówczesnego administratora, Augusta von Sachsen-Weissenfels (1680) zostało siedzibą półautonomicznego księstwa Magdeburga.
XIX i XX wiek thumb|100px|Jedna z bram dawnej cytadeli, widoczne panoplia Podczas rządów pruskich miasto zostało zamienione w cytadelę. W dobie wojen napoleońskich, twierdzę oblegały wojska francuskie w 1806 r. W 1807 r. na mocy pokoju w Tylży miasto weszło w skład Królestwa Westfalii podporządkowanego Napoleonowi. Burmistrzem miasta został powołany przez Jérôme’a Bonaparte książę .