Czasy nowożytne mały|100px|Oblężenie Magdeburga (1631) mały|100px|Magdeburg (1640) W 1524 r. Marcin Luter został powołany do Magdeburga, gdzie głosił swoje nauki. Idee reformacji znalazły licznych zwolenników w mieście, w którym zresztą Luter żył, będąc szkolnym uczniem. Interwencje cesarza Karola V, który usiłował pozbawić miasto jego praw, nie przyniosły skutku, co więcej, miasto przyłączyło się do sojuszu w Torgau i związku szmalkaldzkiego. W konsekwencji czego podczas I wojny szmalkaldzkiej miasto zostało oblężone (1550-1551) przez Maurycego, elektora Saksonii, byłego protestanta, który dał się przekonać cesarzowi. Dzięki odparciu najeźdźców miasto zachowało swoją niezależność. Na miejsce arcybiskupa powoływano administrację, w skład której wchodzili członkowie z dynastii protestanckich. W następnych latach Magdeburg zyskał renomę twierdzy protestantyzmu, stał się pierwszym i głównym miejscem publikacji pism Lutra. W Magdeburgu Matthias Flacius i jego zwolennicy napisali szereg broszur i pamfletów o wymowie antykatolickiej oraz tzw. Centurie Magdeburskie, w których Kościół rzymskokatolicki został nazwany królestwem antychrysta.