Następnie był Naczelnikiem Wydziału Zdrowia Publicznego w Naczelnej Radzie Ludowej dla Górnego Śląska w Katowicach. W 1922 był członkiem Komitetu Przyjęcia Wojska Polskiego na Śląsku. W pierwszych latach działalności autonomicznego Województwa Śląskiego pełnił funkcję Naczelnika Wydziału Zdrowia Publicznego Urzędu Wojewódzkiego w Katowicach (1922-1929). M.in. na jego wniosek został w 1922 r. powołany w Pszczynie Wojewódzki Zakład Badania Żywności (w 1932 r. przeniesiony do Katowic) – poprzednik obecnej Wojewódzkiej Stacji Sanitarno-Epidemiologicznej w Katowicach. W ogromnej mierze dzięki jego aktywności zorganizowano polską służbę zdrowia w województwie śląskim. Był członkiem wielu polskich stowarzyszeń i organizacji polskich w Katowicach m.in. Towarzystwa Przyjaciół Nauk, Oddziału Śląskiego Polskiego Towarzystwa Przyrodników im. Mikołaja Kopernika, Członek Rady Śląskiego Związku Akademickiego. Ponadto prezesem Koła Przyjaciół Harcerzy, a następnie wiceprezesem Zarządu Oddziału Śląskiego Związku Harcerzy Polskich. Był członkiem honorowym stow. Lekarzy Polskich w Warszawie i Towarzystwa Lekarzy Polaków na Śląsku.
mały|Grób dra Józefa Rostka na cmentarzu przy ul.