Charakterystyka twórczości Rzeźby i reliefy Fontany są wyraźnie zależne od sztuki rzymskiej kręgu Berniniego. Nie wiadomo jednak, czy sztukator zetknął się z nią bezpośrednio, bo na temat jego wykształcenia i wczesnej twórczości brak jakichkolwiek przekazów archiwalnych. Twórczość Fontany miała ogromne znaczenie dla rozpowszechnienia nurtu berninowskiego w rzeźbie małopolskiej, stając się wzorem dla wielu późniejszych artystów.
Dzieła Dzieła pewne Hohenaschau, dekoracja trzech sal pd. skrzydła zamku von Preysingów, sygnowana „Baldisaro Fonta [...] 1683 [lub 1688, ostatnia cyfra widoczna w połowie] Kromieryż, zamek biskupi, dekoracja trzech sale terrene zamku biskupów ołomunieckich na zlecenie Karola Liechtensteina-Kastelkorna, 1690–1691 Kromieryż, zamek biskupi, dekoracja dziewięciu sal pierwszego piętra dla tego samego zleceniodawcy, 1691–1695. Dekoracja zniszczona przez pożar 1752 Wyszków, dekoracja kaplicy św. Otylii przy kościele parafialnym, 1692, zachowana częściowo Hradisko, klasztor Norbertanów, dekoracja klatki schodowej, 1692 Wieliczka, dekoracja kaplicy Morsztynów przy kościele parafialnym, zachowana fragmentarycznie Hradisko, klasztor Norbertanów, dekoracja refektarza, prawdopodobnie 1694, niezachowana Šebetov, dekoracja wnętrz pałacu, 1694 Kraków, kościół św.