1700 ustanowił fundację z kapitałem 3000 zł, z której zyski miały być przeznaczone na konserwację wykonanych przez niego dekoracji w tymże kościele.
Podczas przerwy w pracach przy kościele św. Anny, spowodowanej najazdem szwedzkim, Fontana rozpoczął dekorowanie biblioteki opactwa w Hradisku koło Ołomuńca, W r. 1722 artysta rozpoczął trwające do 1731 r. prace w należącym do tego opactwa kościele na Świętej Górze, gdzie uzupełniał wystrój wnętrza ozdobionego dekoracją sklepienną wykonaną przez innych sztukatorów w l. 1681–1692. W r. 1724 Fontana przystąpił do prac nad swoim ostatnim wielkim dziełem – dekoracją kościoła w Welehradzie, ukończoną ok. r. 1730. W obydwu tych sanktuariach odpowiadał on już za całość robót, kierując również pracami artystów innych branż. Asystował mu m.in. wiedeński rzeźbiarz i kamieniarz Johann Hagenmüller, który w kościele na Świętej Górze miał, w razie śmierci lub choroby Fontany, objąć kierownictwo robót. W tamtym okresie artysta, który wciąż cieszył się dobrym zdrowiem, wykonał wiele drobniejszych dekoracji.
Baltazar Fontana zmarł 6 X 1733 w Chiasso i został pochowany w tamtejszym kościele św. Witalisa.