Po swoim zmartwychwstaniu Optimus powrócił ponownie na stanowisko dowódcy Autobotów. Gdy pojawiło się zagrożenie ze strony pożeracza planet – Unicrona, Optimus rozpoczął poszukiwania utraconej Matrycy Stworzenia – jedynej siły mogącej powstrzymać to zagrożenie, która znajdowała się w jego starym ciele (Pojawia się tu pewna niekonsekwencja, gdyż Matryca, która wcześniej była programem, teraz przyjęła formę materialnego przedmiotu umieszczonego w klatce piersiowej przywódcy Autobotów). Matryca wpadła w ręce przywódcy Decepticonów Thunderwinga, a po jego starciu z Autobotami na pokładzie Arki wydawała się być ostatecznie stracona.
Podczas ostatecznej bitwy z Unicronem na Cybertronie, Thunderwing został zniszczony, a Matryca wróciła w ręce Optimusa. Dowódca Autobotów użył jej siły do zniszczenia Unicrona samemu ponosząc śmierć. Przedtem jednak rozłączył się z Nebulaninem HIQ, z którym zdążył się już zespolić do tego stopnia, że praktycznie stali się jednością. Osobowość Optimusa przebudziła się w umyśle Nebulanina, który po dotarciu do ukrytego we wnętrzu Cybertrona „ostatniego Autobota” uległ przemianie sam stając się Optimusem.