Plan Shockwave’a skomplikował się jednak gdy okazało się, że Optimus wykorzystał nadarzającą się okazję by przekazać Matrycę człowiekowi Busterowi Witwicky’emu.
Uwolniony przy pomocy Bustera Optimus powrócił na stanowisko przywódcy Autobotów i kontynuował walkę z Decepticonami do czasu, gdy na skutek wirtualnego starcia z Megatronem, w którym złamał własne zasady moralne, poniósł śmierć, a jego ciało zostało przez Autoboty wystrzelone w kosmos. Jednakże osobowość Prime’a została przedtem skopiowana na dyskietkę, co po pewnym czasie zostało przez Autoboty wykorzystane do przywrócenia ich lidera do życia. Na planecie Nebulos zbudowano nowe ciało dla Optimusa, który od teraz znany był jako Powermaster Optimus Prime (Nebulanin HIQ stworzył z nim sprzężenie zwrotne – innymi słowy pełnił funkcję jego głównego źródła energii).