W 1983 roku po konflikcie ze Strummerem zespół opuścił Mick Jones. Rok przed tym, również z powodu jego ultimatum zespół opuścił Topper Headon, który nie mógł sobie poradzić z nałogiem narkotykowym. Po tych zmianach w The Clash pozostało ich tylko dwóch: on i Paul Simonon. Dobrali do zespołu nowych muzyków i z nimi w 1985 roku nagrali album Cut the Crap. Płyta została źle przyjęta przez fanów i dziennikarzy i w tej sytuacji Strummer zakończył działalność The Clash na początku następnego roku.
Latem 1986 Strummer pracował nad kilkoma piosenkami do filmu Sid i Nancy (Sid and Nancy, 1986) z Garym Oldmanem. Później pracował znowu z Mickiem Jonesem przy jego zespole Big Audio Dynamite, przyczyniając się poprzez napisanie większości piosenek do powstania drugiego albumu tegoż zespołu.
W tym czasie wystąpił również w kilku filmach m.in. Z piekła rodem (reż. Alex Cox, 1987), Mystery Train (reż. Jim Jarmusch, 1989) i napisał kilka ścieżek dźwiękowych do różnych filmów.
W 1991, kiedy Shane MacGowan opuścił The Pogues, zastąpił go na czas trwania tournée, a później wyprodukował ich album . W latach 1995–1996 udzielał się gościnnie w różnych projektach lub jako producent.
W 1997 w Nowym Jorku pracował z producentami i inżynierami nad remasteringiem albumów The Clash i The 101’ers przygotowywanymi do ponownego wydania.